种质资源研究室主要从事重要水产经济动物种质资源保护与挖掘相关研究，研究方向包括：重要经济鱼类的营养调控与细胞免疫研究、海洋生物类群的系统演化与海洋生态保护研究等。围绕水产经济动物的种质保护与开发，克隆了草鱼、青鱼等淡水鱼脂蛋白脂肪酶(LPL)、葡萄糖激酶(GK)、乙酰CoA羧化酶α(ACC1)等10多种脂代谢关联基因，阐明相关基因的组织表达和营养调控特征。同时，利用构建的鱼类营养性肥胖模型，从个体、组织和分子水平探讨多种经济鱼类脂肪代谢调控机理，为优化鱼类饲料配方，缓解养殖鱼类营养性脂肪肝及相关代谢紊乱提供理论支撑。并且，开展水产动物适用的免疫增强剂、诱食剂等饲料添加剂研发，为鱼类健康养殖提供技术支持和理论基础。

基于线粒体基因组，最早在国际上揭示经济贝类西施舌和药源生物多室草苔虫的隐秘种，并揭示藤壶科和古藤壶科非单系群。同时，首次提出并建立“Phylomitogenomics（系统发育线粒体基因组学）”这一新兴交叉学科，改变学界对海洋无脊椎动物演化历程的认识。开展近岸海域环境有机污染物、生态灾害的监测和致灾机制的研究，探究典型海洋环境污染物PAHs和PCBs等对海洋贝类、甲壳类等毒性效应，评估有机污染物的生态风险和健康风险，研究海洋/水产动物应对环境胁迫的生理代谢的特征与分子机制。同时，对我国近岸海域的生态灾害（水母、赤潮暴发）发生的分子机制和防控策略进行研究，为近岸海域海洋环境监测和保护提供理论依据。

现有研究团队成员11人，其中教授2人，副教授3人，具有博士学位10人，海外归国人员4人。团队人员先后获得江苏省“333高层次人才培养工程”中青年学术技术带头人、江苏省六大人才高峰高层次人才、江苏省高校“青蓝工程”中青年学术带头人、江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师以及连云港市“521高层次人才培养工程”培养对象等人才工程多项。

团队近五年来先后主持国家自然科学基金4项、国家重点研发计划1项、江苏省自然科学基金等省级项目8项以及江苏省海洋科技创新专项等其他市厅级项目10余项，经费累计800余万元以上。团队近5年共发表学术论文60余篇，其中SCI论文45篇，申请发明专利8项。成果多次在国内外学术会议上报告，相关研究结果得到WoRMS等世界权威数据库认可。